Um inquérito civil foi instaurado pelo Ministério público Federal (MPF) tendo como alvo a prefeitura de Bernardino Batista, localizada na divisa com o estado do Ceará, devido à possíveis irregularidades na prestação de contas dos recursos financeiros do Programa Dinheiro Direto na Escola (PDDE), nos anos de 2012 e 2013. A portaria contendo a instauração do inquérito pode ser encontrado no Diário Eletrônico do órgão.
A portaria é assinada pelo Procurador da República, Felipe Torres Vasconcelos, e tem como objetivo regular e formar uma coleta de elementos necessários para se ter uma ampla visão acerca dos fatos.
Ainda de acordo com o MPF, o Sistema Único da 5ª Câmara de Coordenação e Revisão ficará responsável pela apuração do material coletado no inquérito.