A prisão foi decretada na ação penal em que o deputado cassado é acusado de receber R$ 5 milhões, que foram depositados em contas não declaradas na Suíça. O valor seria oriundo de vantagens indevidas, obtidas com a compra de um campo de petróleo pela Petrobras em Benin, na África. O processo foi aberto pelo Supremo Tribunal Federal(STF), mas após a cassação do ex-deputado, a ação foi enviada para o juiz Sérgio Moro porque Cunha perdeu o foro privilegiado.
Entre os argumentos usados para justificar o pedido de prisão de Cunha, a força-tarefa de procuradores da Lava Jato afirmou que a liberdade do ex-deputado representava risco às investigações. Segundo a acusação, “há evidências” de que existem contas pertencentes a Cunha no exterior que ainda não foram identificadas, fato que coloca em risco as investigações. Além disso, os procuradores ressaltaram que Cunha tem dupla nacionalidade (brasileira e italiana) e pode fugir do país.